Lembaga Kemahasiwaan yang berada di lingkup Fakultas pertanian terdiri dari :

1. Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas (BEM Fakultas)

2. Komisariat Fakultas Pertanian Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (PK IMM)

3. Himpunan Program Studi Agribisnis (HIMAGRI)

4. Mahasiswa Pecinta Alam (MATA ALAM UMKendari)

5. Gerakan Kepanduan Hizbul Wathan